水生生态夏令营旨在让参营者离开教室、走进自然，目标人群为初中年级的学生。夏令营为期5天，每一天均以设置不同的主题，旨在关注当地不同的水生生态系统、理解其中的科学知识。参营者将被分为不同的小组，每个小组均由厦门大学的科研人员、本科生、研究生作为“辅导员”带领完成整个项目的学习和体验。活动会在教室、实验室、野外等场地进行，均为动手操作实践。